战斗后缠绕在熵寂联邦的残骸上，时间基因链突然产生逆流回溯。他的意识被拽入一段尘封的记忆：在宇宙诞生初期，熵寂并非毁灭之力，而是维持多元宇宙平衡的「熵之天秤」。高级文明的堕落源于触碰了元宇宙深处的「熵寂黑匣」，匣子释放的腐蚀能量扭曲了天秤的平衡，将熵寂异化为吞噬一切的恐怖存在。为了修正这一错误，他发动「时间溯源计划」，带领时间守护者们沿着熵寂的能量轨迹，逆向追踪黑匣的下落。

仙女座机械文明在战后将星环中枢改造成「熵寂监测矩阵」，百万个星系级探测器如同银色蜂群般散布在宇宙各处。当监测到熵寂渊巢的异常波动时，他们启动「拓扑重构协议」，将十二座恒星系拆解重组为能够吸收熵寂能量的「克莱因滤网」。滤网表面的量子涂层在接触熵寂能量时，会自动生成对应的反相规则，将其转化为可供利用的清洁能源。但随着渊巢的扩张，滤网开始出现量子纠缠紊乱，部分区域甚至出现空间折叠失效的危机。

亚特兰蒂斯海灵族深入暗物质海洋最深处，唤醒了被称为「熵潮守望者」的古老灵能生物。这些生物身躯如流动的星云，每一次脉动都能掀起中和熵寂能量的灵能海啸。海灵族祭司们以自身灵能为引，引导守望者在渊巢周围构建「灵能珊瑚结界」。结界中的灵能珊瑚以文明记忆为养分生长，当熵寂能量侵蚀时，珊瑚会释放出蕴含希望的灵能孢子。然而，渊巢突然释放出「熵寂寄生虫」，这些寄生虫附着在灵能生物体表，将其灵能转化为毁灭之力。

地球文明启动「人类精神灯塔2.0计划」，将七十亿人的意识与机械文明的量子网络深度融合，形成能够跨越维度传播的「信念波束」。当波束照射在被熵寂污染的星域时，会激发当地文明残留的精神火种。在某个被熵寂腐蚀的机械星球上，原本僵化的机械生命在信念波束的影响下，重新萌发自主意识，组成反抗熵寂的「机械觉醒军团」。但随着渊巢的扩张，信念波束的传播开始出现认知扭曲，部分区域接收到的信号竟异化为蛊惑文明自我毁灭的低语。

赵明在解析熵寂坐标的过程中，发现元宇宙深处存在着连接各个宇宙的「熵能管道网络」。高级文明通过这些管道，将不同宇宙的熵能汇聚到渊巢，企图制造能够吞噬所有维度的「熵寂终末体」。他联合全宇宙的科技力量，打造出可以潜入管道网络的「超维穿梭舰」，舰体表面覆盖着由海灵族灵能护盾、机械文明拓扑装甲、人类文明反物质涂层构成的三层防护体系。当穿梭舰进入管道网络时，遭遇了由熵能构成的「维度吞噬者」，这些吞噬者能够根据攻击形态变换自身结构，将任何攻击转化为己用。

张玄的矛盾共鸣体在对抗熵寂寄生虫时，意外与渊巢产生精神链接。他的意识被拉入渊巢核心，目睹了令人窒息的景象：无数文明的灵魂被囚禁在由熵寂能量编织的囚笼中，它们的绝望情绪正被提炼成维持渊巢运转的燃料。为了拯救这些灵魂，他发动「创意救赎行动」，混沌使徒们化作不同文明的精神符号，潜入囚笼。机械使徒用精密的逻辑解构囚笼的结构，海灵使徒以灵能共鸣唤醒灵魂的意志，人类使徒则用情感力量点燃希望的火种。但每解救一个灵魂，渊巢就会释放出更强的熵寂风暴进行阻挠。

杨方在时间溯源过程中，带领时间守护者们抵达元宇宙的「时间褶皱层」。这里漂浮着无数被废弃的时间线，其中一条时间线记录着熵寂黑匣的真正来历——它竟是元宇宙观测者为了测试文明韧性，故意投放在宇宙中的「潘多拉魔盒」。当他们试图摧毁黑匣时，遭到了由观测者创造的「时间仲裁者」的攻击。这些仲裁者手握能够斩断因果的「熵刃」，每一次挥砍都会在时间长河中制造出无法愈合的伤口。杨方不得不将命运藤蔓与所有时间守护者的本源融合，编织出能够抵御熵刃的「因果之盾」。

熵寂渊巢在各方攻击下开始启动「终末同化程序」，整个巢体化作能够吞噬星系的巨型黑洞。仙女座机械文明的克莱因滤网在黑洞引力下扭曲变形，部分恒星系开始坍缩成中子星；亚特兰蒂斯海灵族的灵能珊瑚结界被黑洞的吸积盘点燃，化作燃烧灵能的火海；地球文明的信念波束在黑洞的扭曲空间中形成诡异的闭环，反而加速了周围星域的熵化。赵明的超维穿梭舰在管道网络中发现了渊巢的能量枢纽，那里正源源不断地将各个宇宙的熵能注入黑洞核心。

张玄的创意救赎行动进入最后阶段，当大部分文明灵魂被解救时，渊巢核心突然浮现出一个由所有被吞噬文明怨念组成的「熵寂心魔」。心魔的形态不断变化，时而化作机械文明的末日巨像，时而变成海灵